El Colegio de Farmacéuticos y Químicos de Guatemala está integrado según lo dispuesto por el Artículo 8 del Decreto 72-2001, del Congreso de la República, por los siguientes Organismos:
- Asamblea General
- Junta Directiva
- Tribunal de Honor
- Tribunal Electoral
La Asamblea General es el órgano superior de cada colegio y se integra con la reunión de sus miembros activos, en sesión ordinaria o extraordinaria.
La Junta Directiva es el órgano ejecutivo del Colegio. Se integra con siete miembros: un Presidente, un Vicepresidente, dos Vocales designados en su orden I y II, un Secretario, un Prosecretario y un Tesorero.
El Tribunal de Honor se integra con siete miembros titulares: un presidente, un vicepresidente, un secretario y cuatro vocales, así como dos miembros suplentes, electos por planilla por la Asamblea General, en la misma forma y por el mismo período que los de la Junta Directiva.
El Tribunal Electoral se integra con cinco miembros titulares: un presidente, un secretario y tres vocales, así como dos miembros suplentes, todos electos por planilla por la Asamblea General, en la misma forma y por un período de tres años.
